Mikhail Vladimirovich Mishustin sinh ngày 3 tháng 3 năm 1966 tại thành phố Lobnya[6][7][8].

Cha ông là Vladimir Moiseyevich Mishustin làm việc ở Sân bay quốc tế Sheremetyevo, là Bí thư Đoàn Thanh niên Cộng sản Lenin,[9] trong ban an ninh[10] (sau này là Công ty Cổ phần An ninh Hàng không Aeromash,[11] nay là Công ty Cổ phần An ninh Sheremetyevo «Шереметьево Безопасность»), còn mẹ ông là Luiza Mikhailovna làm việc trong một cơ sở y tế.[12][13] Tại Lobnya, Mikhail đã tốt nghiệp trường Trung học số 7 với kết quả xuất sắc.[14]

Năm 1983 ông đăng kí học lớp ban đêm tại Viện Công cụ Máy móc Moskva STANKIN (Московского станкоинструментального института), sau đó, nhờ thành tích học tập tốt ông được chuyển sang học lớp ban ngày.[12] Năm 1989, ông tốt nghiệp Đại học Công nghệ Quốc gia Moskva «STANKIN» chuyên ngành Hệ thống Thiết kế Tự động, nhận bằng Kĩ sư - Kĩ thuật viên hệ thống. Sau đó vào năm 1992 cũng tại đại học này ông đã hoàn tất chương trình nghiên cứu sinh (phó tiến sĩ).[15]